S pojavom kršćanstva Zagora dobiva sakralne komplekse, značajan bazilikalni sklop je na Dikovači u Zmijavcima, ranokršćanske crkve i ulomci nađeni su u Gatima, Niskome, Otoku, Sinju, Cisti, Prološcu, Bilicama, Tepljuhu, Danilu, Trbounju... U ranom srednjem vijeku, nadiru slavenske grupe naroda, među njima i Hrvati, koji razaraju, ali dijelom i prihvaćaju rimsku kulturu.

Vladarska loza Trpimirovića čiji su posjedi bili u kaštelanskom i splitskom polju, a sjedište u Solinu i utvrđenom Klisu, Zagoru uključuje u hrvatsko kraljevstvo, maleni dio ostaje u Neretvanskoj kneževini, dok su gradovi u priobalju bizantski. Zagora iz ovog razdoblja puna je kamenih svjedočanstava o kraljevstvu Hrvata kojem je bila kolijevka; monumentalna je karolinška crkva svetog Spasa u selu Cetina kod Vrlike koju je podigao u IX. stoljeću župan Gastika, a u Biskupiji kod Knina ostaci su kraljevskog dvora i sjedišta biskupije iz prve polovice XI. stoljeća.

Posljednji hrvatski kralj Petar Svačić, prema predaji iz grada Kamičca iznad Krke pored Miljevaca, poginuo je 1097. u borbi s ugarskim kraljem Kolomanom na Gvozdu. Zagora nastavlja povijesni put pod Mađarima, a iz tog razdoblja najznačajnije je formiranje Poljičke republike, čije je pravne propise određivao Poljički statut, kodeks srednjovjekovnog prava koji je kasnije nadopunjavan, a primjer je jedinstvene pučke demokracije. Drevna Poljička knežija je bila podijeljena na 12 katuna, koji su nosili imena dvanaest većih poljičkih sela.

Svaki katun je u rano jutro na dan svetog Jurja birao svog katunara, a oni su, nakon vjerske svečanosti na Gracu, silazili s narodom u Podgradac i birali velikog kneza i kanćilire za jednu godinu među seoskom vlastelom. Poljička republika je sve do francuskog ukinuća 1807. godine čuvala autonomiju u različitim formama kroz pet stoljeća, a prema nekim tumačenjima Thomas More svoju ‘Utopiju’ iz 1516. napisao je nadahnut poljičkim autonomnim starodrevnim običajima, koji su mu bili uzorom pravednog i slobodnog društva. U to vrijeme Zagora proživljava najtegobnije razdoblje svoje povijesti.

Nakon bitke na Krbavskom polju 1493. godine na kojem pogiba hrvatsko plemstvo, bosansko kraljevstvo i hrvatske zemlje osvajaju Turci, u to vrijeme najmoćnija sila na europskim bojištima. Zagora je opustošena, stanovništvo izmrcvareno, raseljavano, crkve i naselja zapaljeni, građene su džamije, primjerice u Drnišu i Klisu, a mletačka vlast koja vlada primorskim gradovima ne želi ulaziti u sukobe s Osmanlijama.

Tek u osamnaestom stoljeću Zagora se riješila turske, a grabi je venecijanska uprava. Početkom XIX. stoljeća Dalmaciju osvaja Napoleon koji pokreće veliki projekt gradnje cesta do Albanije. Sve do najnovijih vremena ti su putovi bili jedina komunikacija Zagore s ostatkom svijeta. Na vlast potom dolaze Habsburgovci, koji nakon prvotne nezainteresiranosti za opustošenu Zagoru organiziraju poljoprivredu, grade otkupne stanice, škole i podižu infrastrukturu.

Razvijaju se gradići, Sinj, Drniš, Imotski, Vrgorac, značajno se urbaniziraju, a očite su i prve naznake kulturnog života. Prvi svjetski rat, a nakon toga političke prilike u Kraljevini Jugoslaviji i komunističkoj SFRJ nanovo osiromašuju Zagoru. Usprkos pokušajima industrijalizacije potiče se iseljavanje kao jedini spas od bijede.

Nakon Domovinskog rata i približavanjem Europskoj uniji Zagora po tko zna koji put hvata novi zalet. Višestoljetna izoliranost sačuvala ju je kao područje kakvih na suvremenom Zapadu više nema. Izvorna priroda, bogata pučka tradicija, očita u običajima i kulturi, daju nadu kako će se kotač tegobne povijesti konačno početi okretati na stranu Zagore. Svi koji su je posjetili, uvjereni su u to. Kamene utvrde prosute su duž cijele Zagore, bio je to prostor stalnih okršaja starosjedilaca s osvajačima pridošlih sa svih strana, koji bi preko tog područja protutnjali na putu do mora.



Jedna od najznačajnijih dalmatinskih tvrđava leži iznad Knina, spominje se prvi put u X. Stoljeću. U vrijeme kralja Zvonimira bila je prijestolnica hrvatskog kraljevstva. Otada je nekoliko puta mijenjala osvajače, proširivana je i ojačavana, posljednji put za vrijeme austrijske uprave u XIX. stoljeću.

Klis je mitsko mjesto za sve Hrvate, tu je bilo sjedište Trpimirovića, hrvatske kraljevske loze, a tvrđava ima gradnji još iz ilirskih vremena, budući da se nadvija nad prijevojem s najvažnijom povijesnom cestom koja je spajala primorje i unutrašnjost Dalmacije. Njezine zidine pamte osvajanja i bitke, često je prelazila iz ruku jednih u ruke drugih osvajača.

Srednjovjekovni Klis bio je sjedište uskoka, hrvatskih boraca protiv turske i mletačke najezde. Njegovim osvajanjem 1537. godine, Turci su zauzeli Solin te prodirali kroz Kaštela, ali nikada nisu uspjeli upasti u Split. Turci utvrđuju Klis i grade džamiju s minaretom. Klis je konačno oslobođen 1648. godine, kada ga osvajaju Mlečani, te ga dodatno ojačavaju, a džamiju pretvaraju u crkvu.

Imotska tvrđava Topana nastala je u X. stoljeću. Kroz povijest imala je izuzetno strateško značenje i nekoliko puta se spominje u poveljama hrvatskih i bosanskih kraljeva, a bila je nastanjena do 1816. godine. U blizini utvrde nalazi se i crkvica Gospe od Anđela, zaštitnice Imotske krajine izgrađena 1718. godine. Kugla ispucana iz topa s Topane je 1717. godine odredila granicu između mletačke i turske države. Fortifikacije se duž Zagore pojačano grade na strateškim lokacijama u XIII. i XIV. stoljeću, često na mjestima još starijih, i spadaju u jednostavnije tvrđave.

Čine ih kula s utvrđenim dvorištem, a sačuvan ih je niz; značajnije su: Gradina kod Drniša, Glavaš na Dinari, Prozor iznad Vrlike, Travnik na Svilaji, Čačvina kod Trilja, Nutjak iznad Cetine, Zadvarje, Kunjak kod Kučića, Visuć na Omiškoj Dinari, Ričice, Badnjevice kod Prološca, Gradina kod Vrgorca, Brečevo kod Bračevića. Na obalama rijeke Krke je čak tridesetak utvrđenih gradova i kula, poput Nećvena, Čučeva, Bogočina, Kamička, Rogova, Uzdah kule, Ključića...